私有地整地要申請嗎？

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最近買了塊地，旱地，山坡地保育區，種有荔枝，想請怪手拔除，另種其他果樹。

打電話到鄉公所農業課問要不要申請，說：要，用到怪手就要申請，不然被衛星偵測到，會被罰款。

我覺得很奇怪，自己私人的地，又沒有要改變地形，種什麼還要政府管嗎？這是根據哪一條法令？

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max999說的很實用，
請問有沒有時限呢？就是說，申請了之後，多久時間內要行動？